Brama Świętojańska została zbudowana w okresie średniowiecza, pod koniec XIV wieku. Nie ma przekazów o jej pierwotnym wyglądzie. Prawdopodobnie była niewielkim, piętrowym budynkiem, nakrytym stromym dachem. W XVI wieku straciła znaczenie militarne i umieszczono w niej mieszkania oraz warsztaty. W XIX wieku front bramy został przebudowany na styl klasycystyczny. W wyniku działań II Wojny Światowej została całkowicie zniszczona. Ocalał jedynie ceglany łuk bramy od strony nabrzeża Motławy. Bramę Świętojańską odbudowano pod koniec lat 70tych ubiegłego stulecia zachowując klasycystyczną formę z początku XIX wieku.