Kapitanat portu Gdańsk jako komórka organizacyjna Urzędu Morskiego realizuje szerokie pasmo zadań miedzy innymi z dziedziny ochrony środowiska, ochrony wód morskich i wybrzeża, bezpieczeństwa żeglugi, z zakresu inwestycji i remontów, gospodarki terenami, robót czerpalnych i podwodnych, rozwoju portu, polityki w zakresie administracji morskiej czy nadzoru administracyjnego. Powyższymi zadaniami zajmują się poszczególne zespoły do spraw nabrzeży, nawigacji, rejestratury, inspekcji pożarowej, ochrony środowiska oraz Zespół ds. Służby Ruchu, zajmujący się nadzorem bezpieczeństwa żeglugi w porcie.