Jego siedziba to zabytkowy gmach dawnego klasztoru franciszkańskiego z późnego gotyku, wykorzystywana była do celów ekspozycyjnych od 3 ćwierci XIX wieku. Znajdowało się tam wówczas Stadtmuseum, gromadzące sztukę dawną. W 1884 jego kolekcję uzupełniły zbiory gdańskiego Kunstgewerbemuseum, z którym się połączyło. Po II wojnie światowej, muzeum przyjęło polską nazwę Muzeum Pomorskiego w Gdańsku. Pierwotnie znajdowało się w Pałacu Opatów w Gdańsku Oliwie, który pełnił początkowo funkcje działu etnograficznego muzeum. Od 1989 roku mieści się tu Oddział Sztuki Współczesnej Muzeum Narodowego w Gdańsku. Z jego bogatych kolekcji ukształtowały się samodzielne instytucje – Muzeum Morskie (1960), Muzeum Archeologiczne (1962), a jako ostatnie Muzeum Historyczne Miasta Gdańska (1971). Rok potem Muzeum zostało przemianowane na Muzeum Narodowe w Gdańsku. Stało się tym samym jednym z siedmiu najbardziej wyróżnionych muzeów polskich. Na przestrzeni lat dostawało nowe budynki i zbiory dzieł sztuki pod opiekę. W 2017 6 oddziałów zwiedziło łącznie 162 137 zwiedzających[