Pierwsze wzmianki o Sztutowie pojawiły się w 1432 roku. Miejscowość jest siedzibą gminy Sztutowo. Pomiędzy Sztutowem a Kątami Rybackimi znajduje się rezerwat kormoranów czarnych. Po I rozbiorze Polski Sztutowo zostało zaanektowane przez Prusy. W latach 1773-1918 Sztutowo podlegało administracji pruskiej, a w 1919 znalazło się na terenie Wolnego Miasta Gdańska. 1 września 1939 zostało włączone do III Rzeszy. W latach 1939-1945 znajdował się na terenie gminy niemiecki obóz koncentracyjny "KL Stutthof". Był to najdłużej działający obóz koncentracyjny poza przedwojennymi granicami Niemiec. Założony został podczas kampanii wrześniowej, tuż po zajęciu Pomorza i Wolnego Miasta Gdańska. Obecnie funkcjonuje tu Muzeum Stutthof w Sztutowie. W wyniku II wojny światowej wieś została przyłączona do Polski. Dotychczasową ludność wysiedlono do Niemiec.