Wielki Młyn został wzniesiony przez krzyżaków w 1350 roku. Młyn został zbudowany na sztucznej wysepce (obecna nazwa Wyspa Młyńska) utworzonej przez rozwidlenie Kanału Raduni. Obiekt o wysokości 26 m i długości 41 m posiadał 18 kół wodnych o średnicy 5 metrów, po 9 na ścianę młyna i pełnił funkcję młyna, spichlerza i piekarni. Nad ustawionymi w dwóch kondygnacjach żarnami mieściło się sześć kondygnacji spichrzowych. Co szesnasty worek mielonego w młynie zboża przypadał miastu jako danina. W przypadku oblężenia miasta i odcięcia dopływu wody, używano zapasowych żaren napędzanych końmi. W 1836 młyn dzierżawi radca Jakub Witt, który zmodernizował jedną stronę młyna do produkcji mąki na wzór amerykański poprzez m.in. zamontowanie w nim taśmociągu. W 1880 młyn otrzymał nowoczesny napęd turbinowy który zachował się do 1945r. Jeszcze w 1939 produkował 200 t mąki dziennie.Młyn pozostawał w użyciu aż do końca II wojny światowej, gdy został częściowo zniszczony a następnie odbudowany w latach 60tych XX wieku. Następnie organizowano w nim wystawy, wykorzystywano na cele magazynowe, dyskotekę, miejsce spektakli teatralnych, do 1992 działały Pewex i salon gier. W 1991 roku przeprowadzono w nim badania archeologiczne. W 1993 roku zakończono adaptację młyna na dom handlowy. Od lat 90. XX wieku do września 2016 w Wielkim Młynie znajdowało się centrum handlowe, które z biegiem lat traciło popularność. Czynnych było coraz mniej stoisk, a obiekt wymaga kapitalnego remontu. W grudniu 2016 młyn został przekazany na potrzeby pobliskiego Muzeum Bursztynu w Gdańsku, z trudem mieszczącego się w swojej siedzibie.